Powstało pierwsze interaktywne Drzewo Życia: wszystkie żywe stworzenia na jednym schemacie

© 2016 Damien M. de Vienne.

Ponieważ sekwencjonowanie DNA stało się stosunkowo tanie i szybkie, naukowcy otrzymali bogactwo danych na temat genetycznego związku różnych gatunków żywych istot. Jedną z największych baz danych dotyczących filogenetyki (nauki o ewolucyjnych związkach organizmów) prowadzi Narodowe Centrum Informacji Biotechnologicznej (NCBI). Według stanu na październik 2016 r. Zawierała informacje o 1, 4 miliona gatunków.

Niedawno opublikowano pracę w magazynie PNAS, w której naukowcy zaproponowali swoim kolegom pierwszą kompleksową wersję filogenetycznego drzewa życia - Otwarte Drzewo Życia (OTOL). Jednak tylko specjaliści mogą korzystać z tego drzewa: praca z nim wymaga wiele specjalnej wiedzy i umiejętności, ale wygląda jak program komputerowy o złożonym interfejsie. Drzewo filogenetyczne o prostej i zrozumiałej dla przeciętnej użytkownika strukturze interaktywnej nadal nie istniało.

Teraz jest taki zasób. Damien de Vienne połączył nowoczesne metody wizualizacji informacji (takie jak OpenStreetMap) i opracował Lifemap - platformę, na której pojawiło się Drzewo Życia, która obecnie zawiera informacje o widokach 802 639 (w wersji dla szerokiej publiczności), istniejące i wymarłe.

© 2016 Damien M. de Vienne. Miejsce człowieka w domenie eukariotycznej

Lifemap składa się z trzech głównych grup (domen), których przydzielenie zasugerował w 1990 roku założyciel filogenetyki molekularnej, Karl Woese. Pierwszą domeną są archeony, jednokomórkowe organizmy, które nie mają jądra ani innych organelli: w Drzewie znajduje się obecnie 3733 gatunków archeonów. Drugi to bakterie (277, 426 gatunków), trzeci to eukarioty, czyli organizmy w komórkach, w których znajduje się jądro (521480 gatunków dzisiaj w ogólnej mapie Lifemap). Należą do nich wiele żywych stworzeń, od muchomora po człowieka.

10 technologii inspirowanych naturą

Możesz kliknąć wszystkie węzły drzewa, aby uzyskać szczegółowe informacje o taksonie lub gatunku. Możesz wpisać angielską lub łacińską nazwę gatunku lub innego taksonu w pasku wyszukiwania. Za pomocą polecenia Wyświetl pełne pochodzenie możesz prześledzić historię ewolucyjną wybranych gatunków, a wypełniając drugi pasek wyszukiwania, możesz znaleźć najbliższego wspólnego przodka dowolnego z dwóch gatunków należących do tej samej domeny. Jednocześnie system podaje pełną listę wszystkich przodków obu gatunków, którą można kliknąć, aż do najbliższego wspólnego.

© 2016 Damien M. de Vienne. Na Lifemap możesz znaleźć najbliższego wspólnego przodka wilka (Canis lupus) i ludzi (Homo sapiens)

Teraz Drzewo Życia istnieje w trzech wersjach, w których wyróżnia się samo drzewo, a także ilość i źródła towarzyszących informacji. Wersja dla szerokiego grona odbiorców (Lifemap dla ogółu społeczeństwa) obejmuje możliwość dodawania obrazów i linków do artykułów na Wikipedii w opisie rodzajów obrazów, a jeśli nie ma odpowiedniego artykułu, użytkownik jest zaproszony do jego utworzenia.

Wersja Lifemap NCBI zawiera całą taksonomię zgodnie z NCBI i jest aktualizowana raz w tygodniu. Klikając żądany węzeł drzewa, użytkownik otrzymuje dodatkowe informacje o liczbie gatunków w taksonie, link do strony internetowej NCBI z opisem taksonu oraz możliwość pobrania odpowiedniej sekcji drzewa. W razie potrzeby w tej wersji możesz utworzyć dodatkową warstwę i pokazać wszystkie typy wskazanego taksonu, którego genom jest już zsekwencjonowany.

Trzecia wersja nosi nazwę Lifemap OTOL (Open Tree of Life). W nim użytkownik zobaczy drzewo filogenetyczne według OTOL, które zostało opisane powyżej.

Szczegółowy opis Lifemap opublikowano w czasopiśmie PLOS Biology.

Czy podoba ci się ten artykuł?

Najciekawsze wiadomości ze świata nauki: nowe odkrycia, zdjęcia i niesamowite fakty w Twojej poczcie. Okej Zgadzam się z regulaminem witryny Dziękujemy. Wysłaliśmy wiadomość e-mail z potwierdzeniem na Twój adres e-mail.

Zalecane

Najszybszy samochód elektryczny na świecie: 1,5 sekundy do 100 km / h!
2019
Serpent Gorynych and urka: Roll the field. Pole minowe
2019
Jak zbudowana jest największa wywrotka
2019